Між рослинами і епіфітними мікроорганізмами, які населяють їх поверхню, можуть складатися найрізноманітніші симбіотичні взаємини. Мікроорганізми отримують від рослини органічні речовини, а іноді й воду, при цьому вони можуть приносити рослині користь (взаємовигідний симбіоз - мутуалізм), шкоду (паразитизм) або не чинити на нього істотного впливу (коменсалізм). При цьому між епіфітними мікроорганізмами виникає конкуренція за джерела харчування, причому у здорової розвиненої рослини корисна мікрофлора пригнічує патогенну (як правило, виділяючи антибіотики). Тому, при коригуванні живлення та захисту мікробними компонентами постає завдання, як можна раніше зайняти місце на рослині, її кореневій системі або в ризосфері рослини для розвитку популяції корисної мікрофлори.

     В рослинництві використовують як мікробну масу (жива чи спорова форми), так і метаболіти мікроорганізмів (біологічно активні речовини). У рідкісних випадках культуральну рідину не поділяють і вживають обидва компонента спільно (мікробіоту і активні речовини).